朝仓都知事收到一封神秘的恐吓信,内容为:“对于你那4年执政中桀骜不驯的态度,上天将给予惩罚!”。隔天,由都知事主导开通的新地下铁隧道遭到炸毁。虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡,但是,夺取都知事性命失败的犯人势必将再次犯案,并带来更大的灾害,调查朝仓都知事历年事政的柯南,察觉到极有可能是在国土交通大臣时代所推动的水坝建设案中,怀有恨意的犯人就在那相关关系人等之中,因此决定进行深度搜查。因为水库的建造,沉入湖底的新泻县北泽村村民迁移到邻近土地已有5年了,在这5周年纪念的日子里聚集了许多人前