西暦5012年。突如地球へと飛来してきた<エイリアン>と、彼らが生み出した<機械生命体>により、人類は絶滅の危機に陥った。月へと逃げのびた僅かな人類は、地球奪還のため、<アンドロイド>の兵士を用いた反攻作戦を開始。しかし無限に増殖し続ける<機械生命体>を前に、戦いは膠着状態に陥る。人類は最終兵器として、新型のアンドロイド<ヨルハ>部隊を地球へと派遣した。西暦11945年。「第243次降下作戦」が決行され、新たに<ヨルハ>部隊の<2B>と<9S>が地球へと派遣される。両名は機械生命体の基幹ユニット<アダム>