俺の戦うべき相手は――まだこの街にいる。少年は選んだ、自分の信念を。そして、少女を守ることを。魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉が願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」。10年ぶりに冬木市で始まった戦争は、「聖杯戦争」の御三家と言われた間桐家の当主・間桐臓硯の参戦により、歪み、捻じれ、拗れる。臓硯はサーヴァントとして真アサシンを召喚。正体不明の影が町を蠢き、次々とマスターとサーヴァントが倒れていった。マスターとして戦いに加わっていた衛宮士郎もまた傷つき、サーヴァントのセイバーを失ってしまう。だが