主角有马拓也为一个无所事事的高中生,他父亲是历史学家,却在研究时失踪,留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹,里面有一个罗盘和三颗水晶珠,以及一封写着「时间是可逆的,历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信,并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。 拓也晚上如约来到剑之岬,发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来,并拔出枪来威胁他,千钧一发之际,一道闪电落下劈在了神社的御神石上,拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已