故事的主角里见孝太郎,在高中入学前因为父亲调职而开始一个人生活。孝太郎租下了房租每月五千日币,免押金、礼金,价格特别便宜的屋龄25年公寓,可乐娜庄的106号房,决定住进这间只有三坪(六榻榻米)大的房间开始新生活。但106号房却是间因为闹鬼,从来没人能久租的房间。开学典礼当晚,谣传中的幽灵――东本愿早苗出现在孝太郎面前。早苗主张是她先开始住在106号房,在双亲回来之前必须一直等在这里,而想把孝太郎赶出房间。两人争了一个晚上没有结果而暂时休战,没想到隔天自称魔法少女的虹野由莉佳破窗而入,再过一天又出现号称古代