故事的舞台是2030年前后的日本首都·超东惊。人类通过“搭档对战”,开始与称作“亲近界”的异世界居民进行交流。所谓搭档对战,是指由获选的人类“搭档斗士”与异世界的居民(搭档怪兽)组成伙伴,进行对战的卡片游戏。这样的对战有时甚至将左右一国的命运,将搭档怪兽的力量用作恶途的事件也时有发生。相棒学园小学部6年级学生,未门牙王。他也憧憬着搭档对战,希望终有一日能与怪兽组成搭档。一天,牙王发现一名少年被不良少年围困,出于正义感而使用擅长的合气柔术救助了少年。有一只遥远异世界的怪兽关注到了牙王的行为。那只怪兽就是龙族